ศาตร์การแพทย์แผนไทย เป็นภูมิปัญญาซึ่งบรรพบุรุษของไทยได้สั่งสมสืบทอดกันมายาวนาน มีความพยายามในการธำรงรักษาภูมิปัญญาการแพทย์แผนไทย
มีการรวบรวมตำรายาที่ดีและจารึกไว้ในแผ่นหิน ประดับตามผนังศาลาวัดสำคัญต่างๆ เมื่อเริ่มมีการแพทย์แผนตะวันตกเข้ามาในประเทศไทย
การแพทย์แผนไทยยังคงมีบทบาทร่วมในการดูแลและรักษาผู้ป่วย โดยมีการพัฒนาการแพทย์แผนไทยยุคใหม่ เรียกว่า “การแพทย์แผนไทยประยุกต์”
คือ การนำความรู้ทางด้านวิทยาศาสตร์และวิทยาศาสตร์การแพทย์เข้ามาประยุกต์เพื่ออธิบายและพัฒนาการแพทย์แผนไทย

การแพทย์แผนไทยประยุกต์ ได้รับการสนับสนุนให้มีการศึกษาและวิจัยเพื่อพัฒนาและยกระดับมาตรฐานทางการแพทย์แผนไทย
หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต ของคณะการแพทย์บูรณาการ มทร.ธัญบุรี จึงมุ่งเน้นการผลิตบัณฑิตที่มีความรู้ ความสามารถ ในการนำองค์ความรู้ทางการแพทย์แผนไทยประยุกต์ไปประยุกต์ใช้ในการปฏิบัติงานแบบองค์รวม เป็นหลักสูตรที่ "สร้างบัณฑิตการแพทย์แผนไทยประยุกต์ สร้างสรรค์นวัตกรรมจากภูมิปัญญา เป็นนักปฏิบัติมืออาชีพด้านการแพทย์แผนไทยและวิทยาศาสตร์สุขภาพ" มีการเรียนการสอนโดยใช้องค์ความรู้ทางการแพทย์แผนไทยประยุกต์กับองค์ความรู้ทางวิทยาศาสตร์การแพทย์ เพื่อบำบัด ฟื้นฟู และส่งเสริมสุขภาพ และยังนำสมุนไพรมาพัฒนาและต่อยอดเป็นธุรกิจของตนเองได้